ÚDAUK se dlouhodobě a systematicky věnuje výzkumu dějin univerzit, vědy a vzdělanosti v širokých sociálních, kulturních a politických souvislostech (mj. dějiny institucí, jejich součástí, vědeckých oborů a disciplín; dějiny výukového a vědeckého provozu; dějiny studentstva; působení univerzity, jejích učitelů i absolventů v profesním životě, ve společnosti, kultuře, politice apod.). Rozvíjí interdisciplinární spolupráci s vědeckými pracovišti a odbornými společnostmi v domácím i mezinárodním měřítku; jeho tradičními partnery jsou vedle zastřešujících organizací zaměřených na dějiny vědy a vysokého školství především archivy evropských univerzit a vědeckých institucí. Výsledky svého výzkumu pracovníci ÚDAUK publikují vedle dílčích studií a samostatných monografií pravidelně na stránkách časopisu Acta Universitatis Carolinae – Historia Universitatis Carolinae Pragensis.

ÚDAUK je společně s Masarykovým ústavem – Archivem Akademie věd ČR nositelem grantového projektu GA ČR „Univerzita Karlova a Československá akademie věd. Instituce vědy a vysokoškolské vzdělanosti v proměnách politiky a společnosti v letech 1945–1968“. Podílí se také na řešení projektu GA ČR „Přírodovědecká fakulta Německé univerzity v Praze, 1920–1939“.