ÚDA UK se dlouhodobě a systematicky věnuje výzkumu dějin univerzit, vědy a vzdělanosti v širokých sociálních, kulturních a politických souvislostech (mj. dějiny institucí, jejich součástí, vědeckých oborů a disciplín; dějiny výukového a vědeckého provozu; dějiny studentstva; působení univerzity, jejích učitelů i absolventů v profesním životě, ve společnosti, kultuře, politice apod.). Rozvíjí interdisciplinární spolupráci s vědeckými pracovišti a odbornými společnostmi v domácím i mezinárodním měřítku; jeho tradičními partnery jsou vedle zastřešujících organizací zaměřených na dějiny vědy a vysokého školství především archivy evropských univerzit a vědeckých institucí. Výsledky svého výzkumu pracovníci ÚDA UK publikují vedle dílčích studií a samostatných monografií pravidelně na stránkách časopisu Acta Universitatis Carolinae – Historia Universitatis Carolinae Pragensis.

ÚDA UK je společně s Historickým ústavem AV ČR, v. v. i., nositelem grantového projektu GA ČR č. GA25-15886S „Řádová studia jako alternativa univerzitního vzdělávání. Příklad česko-moravské kapucínské provincie (1673-1783)“ (doba řešení 2025-2027, řešitel M. Brčák). Projekt zkoumá, nakolik v českých zemích v době raného novověku soukromá řádová studia fungovala jako alternativa či dokonce specifická konkurence veřejného univerzitního vzdělávání.