Ústav dějin a archiv Univerzity Karlovy je zapojen do řešení programu základní institucionální podpory vědy a výzkumu na UK COOPERATIO, konkrétně ve vědní oblasti HIST (History). Většinu výstupů vykazuje v rámci oboru Dějiny a filozofie vědy. V této činnosti navazuje na dlouholetou spolupráci s Ústavem dějin lékařství a cizích jazyků 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy a Katedrou filozofie a dějin přírodních věd Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy. Předmětem výzkumu jsou dějiny pražské univerzity a dalších vysokých škol v širokém časovém horizontu a středoevropských souvislostech. Univerzitní dějiny jsou přitom vnímány nikoli jako izolovaný směr historického výzkumu, ale v provázanosti se sociálními, kulturními a politickými dějinami a se zřetelem ke komparaci.

V průběhu řešení programu COOPERATIO probíhá práce na dvousvazkových stručných dějinách pražské univerzity a výzkum některých soustavně zpracovávaných i nových témat (prosopografie studentů, dějiny právnické fakulty v raném novověku aj.). Pokračuje digitalizace archiválií a výzkum v oblasti dlouhodobé archivace digitálních dokumentů i práce na zpřístupnění významných pramenů formou kritických edic.